#MINTchallengeMV (No. 2): I wie Informatik

Viren sind nicht in der Lage, sich eigenständig zu vermehren. Sie bringen ihre Erbinformation mit und nutzen die Maschinerie der Zellen, um viele Kopien ihrer Proteine und damit am Ende von sich herstellen zu lassen. Beim Kopieren entstehen Fehler, das führt zu Mutationen. Um das Risiko von Mutationen abschätzen zu können, werden Computermodelle gebraucht, die die Replikation von Viruspeptiden vielfach simulieren.

Liebe Informatiker:innen, bitte beachtet, dass zum Lösen der Aufgabe zuerst die biologische/genetische Überlegung notwendig ist. Frage nötigenfalls bei den Biologen nach.

Um die Aufgabe zu lösen, musst Du Dir den Unterschied zwischen Peptidsequenz und genomischer Sequenz klarmachen, nutze für die Übersetzung die Code-Sonne auf der Karte. Achtung: überlege, wie die Übersetzung Dein Ergebnis beeinflussen kann, beachte das in Deinem Modell.

Gegeben ist eine reale Peptidsequenz eines der acht Proteine eines Influenzavirus. Zur Vereinfachung gehen wir von einer einmaligen Replikation aus, die viele Male von der Ausgangssequenz aus wiederholt wird. Die Polymerase hat eine Fehlerrate von 10^-3. Wenn Du die mutierte genomische Sequenz mit Hilfe der Code-Sonne zurück in eine Aminosäuresequenz übersetzt, wirst Du feststellen, dass es drei verschiedene Konsequenzen einer Mutation für das entstehende Peptid gibt. Welche sind das? Gib den Anteil der Mutationen an, die das Ausgangspeptid in mindestens einer Aminosäure verändern. Definiere Faktoren, die das Ergebnis beeinflussen.

Wenn Du trotz Knobeln und Überlegen nicht weiter kommst, stelle Deine konkreten Fragen uns Wissenschaftler:innen am Friedrich-Loeffler-Institut, Kontaktadresse: ulrike.blohm@fli.de

>CCQ71983 A/swine/Spain/80598-LP4/2007 2007// HA

MKAKLLILLCALSATDADTICIGYHANNSTDTVDTILEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCRLRGVAPLQLGKCSIAGWILGNPECEPLFSKKSWSYIAETPNPENGICYPGYFSDYEELREQLSSVSSFERFEIFPKENSWPKHNANKGVTKSCSHKGQSSFYRNLIWLTEKNGSYPNLSKSYMNNKRKEVLVLWGVHHPSNIEDQMAIYRKETAYVSVVSSHYNRRYTPEITRRTKVRDQEGRINYYWTLLEPEDTITFEANGNLIAPWYAFALSRGSRSGIIVSNASMDECDAKCQTPQGAINSSLPFQNVHPFTIGECPKYVRSTKLRMVTGLRNIPSIQSRGLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAINGITTKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNKLEKRMENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVKSLYERVRGQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCNNECMESVKNGTYDYPKYSEESKLNREKIDGVELKSMGVYQILAIYSTIASSLVLLVSLGATSFWMCSNGSLQCRICI

Teile deine Ergebnisse unter #MINTchallengeMV oder schicke sie an kontakt@mintforum-mv.de! Bei Fragen gern melden, siehe Kontaktdaten.
Unter allen Teilnehmenden werden Gutscheine für spannende MINT-Lernorte in MV verlost. Weitere Informationen erhalten alle Teilnehmenden nach den Weihnachtsferien.

Viel Spaß und Erfolg!